培养皿的灭菌一般有干热灭菌和高压蒸汽灭菌两种方法。灭菌的具体过程是先将需要灭菌的培养皿用报纸包起来，置于干燥箱内加热到160°C灭菌90-120分钟(干热灭菌)，或在121°C高压灭菌20-30分钟(高压蒸汽灭菌)，然后放到烘箱中干燥，去除蒸汽凝结的水。塑料制的培养皿一般都是一次性的，但也有一些塑料培养皿是可以重复使用的。