目前，研究球孢子菌病最常见的动物模型为小鼠模型；选择小鼠模型存在以下几种原因，首先，小鼠对球孢子菌的免疫反应较其他动物强，此外，Cevine等证实在接种感染后，小鼠可对球孢子菌产生近30天的免疫反应，而且以往的实验证实，小鼠在感染后的10内天只会偶尔死亡，但到第30天95％～100％的小鼠死亡，这些均符合实验的要求。

疾病研究显示，雌性小鼠模型皮下或鼻腔内接种重组抗原对鼻内粗球孢子菌病有保护作用。后来，针对球孢子病发病存在着一定的种间差异，科学家用由86和DBH/2杂交而来的重组体小鼠研究球孢子菌病发生的基因易感性，并验证了4号和6号染色体基因与脑组织球孢子菌感染的关系。

在治疗研究方面，由于使用唑类抗真菌药治疗球孢子菌常无效，有科学家对粪壳菌素这一新的选择性真菌蛋白抑制物进行研究。实验者通过给雌性CD-1小鼠静脉注射孢子建立系统性感染模型；对比三种粪壳菌素和氟康唑的疗效发现，所有的制剂均显现出剂量依赖性，随剂量的增加内脏的真菌载量减少，小鼠存活时间延长。而在一项分析两性霉素B胶质和两性霉素B脱氧胆酸盐混悬液对球孢子菌病的治疗效果时，研究者通过雌性CD-1小鼠腹腔内感染分节孢子形成系统性球孢子菌模型，在3天后开始不同剂量静脉注射进行治疗。结果显示，在疗效方面，两性霉素B脱氧胆酸盐混悬液是两性霉素B胶质的3～5倍；但毒性却是其5～8倍，因此两性霉素B胶质的治疗指数较高。此外，在对比特比萘芬与氟康唑对球孢子菌性脑膜炎的治疗效果时，实验者采用了雄性新西兰白兔模型；结果：相对于特比萘芬，氟康唑在控制感染上效果更好。