X染色体失活（XCI）即当X染色体发生沉寂与异染色质时，X染色体会产生重大的重组。在雌性哺乳动物的发育过程中，X染色体的失活会被两条X染色体中的一条染色体的非编码Xist RNA的表达上调所触发。在染色体的cis区域Xist掩盖在其表面，并且通过染色体的一个重复序列区域诱导几乎所有的基因沉默。虽然在大多数细胞类型中一些基因（组成性逃脱）逃避沉默，然而，其他基因（可选择性性逃脱）只有在独特的S3区域才能逃脱X染色体失活。在组织中非活动性X染色体上Xist的作用已经被提出。

最近染色体构象捕获方法已经揭示了在失活X染色体上局部结构的整体损失以及大型巨型域的形成，而它被一个含有微卫星DXZ4的区域分隔开。

然而，在失活染色体的沉默和表达区域的分子结构依然是不清楚的。因次，我们研究了小鼠失活染色体在高度多态性克隆神经祖细胞（NPCs）和胚胎干细胞的结构，染色质可及性和表达状态 。研究表明了Xist的至关重要的作用以及DXZ4——利用等位基因特异基因组的失活染色体结构形成的边界——广泛的染色体构象捕获（Hi-C）分析，采用高通量测序法（ATAC–seq）和RNA测序法对易接近转座酶核染色质的一种检测法。

边界的删除破坏了巨型域的形成，以及Xist RNA的诱导启动了边界的形成和DNA可及性的丢失。研究也表明：在高度多态性克隆神经祖细胞中，失活染色体缺失活动性/非活动性组分和拓扑关联域（TADs），除外想逃脱X染色体失活的基因。在近端启动子和转录阻抑物（CTCF）结合位点的逃脱基因簇显示拓扑关联域样结构以及保留了DNA的可及性。此外，在X染色体失活之后，在不同神经祖细胞克隆时，可选择性逃脱基因模式的改变与不同的拓扑关联域样结构的存在有密切联系。这些发现表明，在神经祖细胞中转录的关键性作用以及在X染色体失活的前提下转录阻抑物（CTCF）在拓扑关联域中的形成。

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