根据“新人类传染病命名”指南，在现有的疾病名称中涉及这个问题的有：埃博拉（Ebola）、猪流感（swine flu）、裂谷热（Rift Valley fever）、克雅氏病（Creutzfeldt-Jakob disease）和猴痘（monkeypox）。WTO认为，命名应该使用更加中立的术语，如严重呼吸道疾病、新型神经系统综合征。

许多科学家都认为，疾病命名的确会引发麻烦，但是他们并不认为采用新的命名规则能减少这个麻烦。“新的命名规则肯定会使名称更加单调，容易让人混淆。”王林发预测道，他是澳大利亚吉朗市澳大利亚动物健康实验室的传染病专家。“目前为止还不能采用这种不带任何歧视色彩的政治政策，因为最终会导致无法区分这些疾病。”德国波恩大学病毒学家Christian Drosten说。

如果按照WHO的新指导意见给疾病命名的话，某些疾病的名字可能会变成右边这样。

命名不当有时会让人蒙上污名，比如人类获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的早期名称为“同性恋相关免疫缺陷症”（gay-related immune deficiency）。不当的命名也会带来误解，对旅游业和贸易造成打击。比如所谓的“猪流感”，其实并不是由猪传播的。但自2009年猪流感的一次爆发以来，有些国家还是因此禁止猪肉或屠宰生猪的进口。最近，一种冠状病毒引起的疾病被命名为中东呼吸综合征（Middle East respiratory syndrome，MERS），使一些中东国家十分不满。

尽管“这些名字都是科学家们自行命名的”，但一旦有人为此感到不满意，“那WTO将承担其外交压力。”Drosten说。这个5月8日发布的新指南旨在减少矛盾，使命名过程更加顺利。“WHO必须采取些措施，少让自己招惹上这种问题，”Drosten说。

WHO指南指出，由第一个报道某种疾病的人来为这种疾病起一个恰当的名字相当重要。因为这样做可以“将疾病名称对贸易、旅游业、动物保护的消极影响降到最小，同时避免对任何自然团体、社会群体、民族群体、区域群体、专业团体或少数族群产生冒犯。”

为达到这一目的，疾病名称就不应包括地理位置、人名、职业、动植物名称，也不宜使用可能“引发不必要恐慌”的词汇，如“不明”“致死性”“传染性”等。相反，应该使用描述疾病症状的普通词汇（呼吸性疾病、水性腹泻），或者特定的描述患者、流行病学、环境的特定词汇（青少年、母系、季节性、夏季、沿海的），也可使用病原体名称及任意标识符（α，β，1，2，3）。

编写这些建议的团队在一年多的时间里遭遇了“几次”命名引起的麻烦，WHO食品安全、人畜共患病及食物传播疾病负责人、团队成员之一Kazuaki Miyagishima说。团队成员讨论过的意见有：以希腊众神命名疾病，用与命名彗星相似的系统命名疾病，向命名飓风一样以男女姓名交替命名疾病。“用‘Katrina’命名飓风时并不会冒犯他人，但如果用‘Katrina’来命名疾病，那就不是一个星期的事了，而是将永远存在着，这一名称会因为它给人类带来的灾难而遗臭万年。”Miyagishima说。

这一指南的出发点是好的，但却矫枉过正了，哥伦比亚大学病毒学家Ian Lipkin说。“我认为，取消‘猴痘（monkeypox）’这样的名称，将不能很好地显示病原体的宿主和潜在传染源。”他说。

取消上述类似的命名还会使疾病不易区分。例如，根据新规定，马尔堡病（一种根据一座德国城市命名的疾病）将改为“线状病毒相关Ⅰ型出血热”；而埃博拉（根据非洲一条河流命名）将改为“线状病毒相关Ⅱ型出血热”。这种名称毫无特点，“丢失的不仅仅是名称的古雅。”安阿伯市密歇根大学医学史学家Howard Markel说。比如MERS，“难道把名字改为新型α冠状病毒分支C ，Ⅰ型更好吗？”Drosten问。

新规定固然具有局限性，“但我们认为已经预留了足够的自由空间。”Miyagishima说，“我们并不想完全扼杀研究人员们的创造性。”

王林发很理解命名疾病的困难性。20年前，他根据澳大利亚布里斯班的一个郊区亨德拉命名了一种病毒及其引起的疾病。至今他仍能接到当地居民因愤怒打来的电话，他们抱怨这样的命名方式损害了当地的地产价值。诺沃克病毒是根据美国俄亥俄州的一座城市命名的，也引起了一些敏感性话题。一个由病毒学家组成的专家组将该病毒的属名从诺沃克样病毒改为了“诺如病毒（Norovirus）”。但在2011年，一个日本人请求专家组重新考虑这个修改，因为“野吕（Noro）”在日本是一个常见的姓氏。专家组建议使用种名诺沃克病毒。

荷兰鹿特丹港市伊拉斯谟医学中心的病毒学家Ab Osterhaus说，使用首字母缩写可能是一个很好的解决办法。使用这种方法的话，名称会比较简短（WTO的建议之一），而且人们通常不会记得每个字母代表的意思。但是，首字母缩写还是会带来问题。2003年，WHO创造了一个名词“SARS”（severe acute respiratory syndrome，严重急性呼吸系统综合征），指代一种在亚洲传播的肺炎，这样做的部分原因是避免出现“中国流感”这样的名称。然而对香港来说，这也不是个好名字，因为SAR也是“特别行政区”（special administrative region）的缩写。

一些人说，使用数字也许是避免出现这类问题的最好办法，而这一做法是有先例的。王林发成长于20世纪60年代后期的中国，他记得当时疾病名称是用数字代指的。“我当时非常害怕得第5号疾病。”他回忆道，“我也不知道为什么，就是不想患上第5号疾病。”